COVID-19 pandemisi ve SARS-CoV-2’nin süregiden evrimi

COVID-19 pandemisi hâlâ sürüyor. Tüm ülkelerden pek çok araştırmacı da virüsün insana geçiş sürecini ve virüsün insanda nasıl değiştiğini (virüsün evrimini) anlamaya çalışıyor. Virüsün değişen bölgelerini hem gen hem de protein seviyesinde anlamamız, pandeminin gidişatı hakkında daha fazla bilgiye sahip olmamamızı sağlıyor. Daha da önemlisi virüs proteinlerindeki değişimleri bilmek, virüse karşı yeni ve daha etkili ilaç hedeflerinin belirlenmesini beraberinde getiriyor. Keza bu durum aşı çalışmaları için de böyledir. İlaç ve aşı çalışmalarının virüsün değişmeyen bölgelerini hedef alması temeldir. Bu çerçevede pek çok ülke virüs genom dizi verilerini gerek Genbank gibi kamusal veri tabanlarına, gerekse Tüm İnfluenza Verilerinin Paylaşımı Küresel İnsiyatifi (GISAID) gibi konsorsiyumların veri tabanlarına yüklemeye başladı. Geçtiğimiz haftaki verilere göre GISAID veri tabanında yaklaşık 17 bin civarında SARS-CoV-2 virüsüne ait genom dizisi yüklenmişti. Bunlardan 31 tanesi de ülkemizdendi. Yaklaşık iki hafta önce de İngiltere’deki araştırmacılar virüse ait 10 bin genomu dizilediklerini duyurdu. Çok kısa sürede neredeyse tüm kaynakların bu çalışmalara aktarılmasıyla ortaya çıkan bu veri zenginliği virüsü daha iyi anlamamızı sağlayacak.  

Londra’daki UCL genetik bölümünden araştırmacıların başını çektiği bir grup da GISAID’den çektikleri verilerle, virüsün evrimini inceleyerek, virüs genomunda tekrarlayan mutasyonları ortaya çıkardılar. GISAID verilerinden daha düşük kalitedeki, eksik verileri elediklerinde analizler için 7 bin 710 virüs genom verisi araştırma için kullanıldı. Araştırmacılar farklı virüs genomlarında tekrarlayan mutasyonların virüsün ORF1ab bölgesinde yoğunlaştığını ve birbirinden bağımsız ve birden çok görülen yaklaşık 198 mutasyon olduğunu ortaya koydular. Bu verilerin henüz virüsün bulaşıcılığının artması ya da azalması anlamında bir bilgi vermediğinin altını çizen araştırmacılar, virüsü takip etmeye devam etmek gerektiğini vurguluyorlar. Çalışma aynı zamanda bu virüs genomları baz alındığında virüsün çıkış zamanını kasım-aralık 2019’a tarihlendiriyor. Çalışmanın yazıldığı ve yayıma hazırlandığı 24 Nisan 2020 tarihinde henüz virüsün kökenine dair kesin bir bilginin olmadığını söyleyen araştırmacılar, İngiltere’ye virüsün tek bir kaynak aracılığı ile değil çok sayıda kişi tarafından taşındığını da söylüyor. Bunun yanı sıra çalışmadaki analizler, virüs protein yapısında pek çok bölgede hidrofilik aminoasitleri hidrofobik aminoasitlere dönüştüren mutasyonların daha fazla olduğunu da gösterdi. Araştırmacılar bu yayınmın kısıtlı yanlarını da makalelerinde tartışarak, yapılan araştırmanın 19 Nisan 2020 tarihine kadar var olan verilerle sınırlı olduğunu ve veri tabanlarındaki veri kalitesinin sonuçları etkileyebileceğini ifade ediyor.  

Virüsün ortaya çıkışından beri yarasa ve henüz tespit edemediğimiz bir canlıdan insana geçmiş olabileceğine dair önermeler ve tartışmalar bulunuyor. Hatırlarsanız mart ayı sonunda Nature’da erken baskı olarak online yayımlanan ve virüsün insana geçişinde Çin’deki pangolinlerin rol oynadığını öne süren bir araştırma var. SARS-CoV-2’nin yarasa coronavirüsüne dizi benzerliği yüzde 96 civarında. Pangolinlere dair olan çalışma pangolin coronavirüsü ile SARS-CoV-2 arasında yüksek benzerlik olduğunu ortaya koymakta ve virüsün insana geçiş yolunun pangolin de olabileceğini öne sürüyor. Bu çalışmanın kısıtları arasında az sayıda pangolin dizisinin kullanılması bulunuyor. Önümüzdeki süreçte daha fazla sayıda genom dizisi kullanılarak yapılacak analizler bu olasılığı daha da netleştirecektir. Yeni araştırmalarla virüsün evrimini ve genetik çeşitliliğini takip etmeye devam edeceğiz.