SARS-CoV-2’nin yeni varyantları

Geçtiğimiz haftalarda büyük bir endişe ve panik ortamı içinde aşı tartışmalarından, yeni varyant tartışmalarına evrildik. SARS-CoV-2 virüsü değişiyor. Değişmesini zaten bekliyorduk. Tüm mesele bu değişimlerin zamanında izlenmesi, değişimlerin belirlenmesi ve sonuçlarının tahmin edilerek önlemlerin zamanında alınması. İngitere’de ve Afrika’da birbirinden bağımsız olarak ortaya çıktığı öne sürülen bu yeni varyant (İngiltere’de variant SARS-CoV-2 VUI 202012/01 olarak adlandırılıyor), başka ülkelerde de görülmeye başlandı. Bu bekleniyordu. Dün itibariyle ülkemizde de 15 kişide bu yeni varyantın görüldüğü açıklandı. Öncelikle şunu söylemekte yarar var. İngiltere’de oluşturulan COVID-19 Genomics Consortium UK (CoG-UK) oldukça iyi çalışıyor ve şimdiye kadar binlerce SARS-CoV-2 genom verisini ortaya çıkarmayı başardı. İngiltere’nin veri toplama alanında yüzyıllara dayanan bilim geleneği burada da göze çarpıyor. CoG-UK tarafından açıklanan ilksel verilere göre bu yeni virüs varyantı tüm genomda aslında birçok mutasyona sahip. Ancak doğal olarak tüm tartışmalar, bulaşma hızını ve aşı çalışmalarını en çok etkileyecek protein olduğu için, spike proteinindeki mutasyonlar üzerinden yapılıyor.

Bu varyant konusunda şimdilik bildiklerimiz şunlar: Şimdilik bu varyantın daha ağır hastalığa ya da daha fazla ölüme yol açtığına dair elimizde bir kanıt yok. Ancak bu varyant üzerindeki çalışmalar ve izleme/gözleme süreci devam ediyor. Peki virüste meydana gelen bu değişiklik aşı çalışmalarını etkiler mi? Bu konuda aslında yüzde yüz emin olarak bir şey söylemek için erken. Spike proteininde görülen çoklu mutasyonlar şunlar: 69-70 delesyonu, 144 delesyonu, tek nokta mutasyonları N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H. Tüm bu sayılar ve harfler neyi gösteriyor, kısaca anlatayım. Spike proteini yaklaşık 1146 aminoasitten oluşan bir protein ünitesinin, üç tanesinin bir araya gelmesiyle oluşmakta. Mutasyonlara göre bu protein ünitesinin 69, 70 ve 144. pozisyonlarında bulunan aminoasitler silinmiş, 501. pozisyonunda bulunan asparajin aminoasidi tirosine dönüşmüş, 570. pozisyonda bulunan alanın aminoasidi aspartik asite dönüşmüş, 614. pozisyonda bulunan aspartik asit glisine dönüşmüş... Bu tür değişim ve dönüşümler bazen proteinin özelliğini değiştirebilirken, bazen de büyük değişiklikler yapmayabilirler. Bu durum, değişimlerin proteinin işlevsel olan bölgelerinde bulunup bulunmamasına, aminoasit özelliğini değiştirip değiştirmemesine göre değişebilir. Örneğin, Spike proteininin insan ACE-2 reseptörüne bağlanma bölgesinde bulunan bir mutasyonun bulaş hızını etkileme olasılığı daha yüksek olabilir. Örneğin N501Y mutasyonu bu bölgede yer alıyor. Bu mutasyon tek olarak daha önce başka ülkelerde de görüldüğü için üzerinde çalışılmıştı. Fare modellerinde bulaş hızını arttırdığı gösterilmişti. Ancak insanda, N501Y’yi de içine alan bu yeni varyantın bulaş hızını arttırdığına dair elimizde henüz deneysel bir veri bulunmuyor. Aşı çalışmalarının etkilenmeyeceğine dair yapılan açıklamaların çoğunluğu bu çalışmaların sonuçlarına ya da bunlar kullanılarak yapılan modellemelere dayanıyor. Yapılan ön çalışmalar ve modellemelere göre Prof. Akiko Iwasaki gibi immunologlar, Spike proteininde N501Y mutasyonu olsa dahi nötralizan antikorların bu bölgeye etki edeceğini, antikor cevabının değişmeyeceğini öne sürmekte. Araştırmacılar delesyonların ve diğer mutasyonların etkilerini araştırmaya başladı bile. Kısa bir süre sonra daha net cevaplarımız olacaktır.  

Bu yeni varyantı, ilginç kılan durum Wuhan referans virüs genomunu temsil eden kümeden farklı 29 mutasyon taşımasıdır. Evrimsel moleküler saat çalışmaları, virüsün ortalamada ayda genom başına iki mutasyon biriktirdiğini tahmin etmişti. Filogenetik analizler, bu yeni varyantın kümesi ile diğer kümeler arasında fazla ara formlar bulunmadığını göstermekte. Gerçi bu durum örneklem sayılarının asimetrikliğine de bağlanabilir. İngiltere’den veritabanlarına çok sayıda genom dizisi geliyor (270 bin toplam genomun 120 bini İngiltere’den geliyor). Diğer ülkelerden gelen örnek sayısı görece daha az. Veritabanındaki örnek sayıları arttıkça ve coğrafi olarak gelen örnek sayıları birbirine yaklaştıkça bu durum daha net olarak ortaya çıkacaktır.  Tüm bu çalışmalar ve bulgular, virüsün yeni varyantlarının izlenmesinin ne kadar önemli ve acil olduğunu bir kez daha ortaya çıkardı.