Yaşlanma ve mikrobiyom

Ortak yaşam sürdüğümüz mikroorganizmalara dair bilgi birikimimizi onlarca yıldır sürdürülen bilimsel çalışmaların çıktılarına borçluyuz. Bugün bu alanda kullanılan birçok terimin de köklerinin çok daha eski olduğunu görüyoruz. Örneğin, günümüzde daha sınırlı bir kesim tarafından kullanılan “Holobiont” terimi ilk defa 1991 yılında Lynn Margulis tarafından ortaya atıldı. Bu, ilk başlarda konak organizma ile onun ortak yaşam sürdüğü tek bir mikroorganizmayı belirtirken, zamanla konak organizma ile onunla ortak yaşam süren tüm mikrobiyal komünitelere doğru evrildi. Bu tanım için bir diğer terim de mikrobiyotadır. Mikrobiyom ya da mikrobiyota terimleri mikrobiyoloji alanında en az 50 yıldır kullanılsa da, bu terimlerin popülerleşmesi yeni nesil dizileme teknolojilerinin geliştirilmesi ve rutin kullanılmaya başlanması ile son on beş, 20 yılda oldu. Bir canlının ortak yaşam sürdüğü yararlı, zararlı tüm mikroorganizmalar onun mikrobiyotasını oluşturur. Mide, bağırsak sistemimizde, derimizde, ağız içimizde yaşayan bir sürü farklı virüs, bakteri, maya, mantar türünün varlığından birçoğumuz haberdarız. İşte bu mikroorganizmalarla dinamik bir ilişki içinde yaşayıp gidiyoruz. Bizler değişiyoruz. Bu süreçte doğal olarak mikrobiyomumuz da değişiyor. Beslenmemiz, yaşadığımız ortam, geçirdiğimiz hastalıklar gibi birçok çevresel etmen mikrobiyomumuzun bileşiminde değişikliklere sebep olabiliyor. Ya da bazı durumlarda mikrobiyomumuzdaki bu değişikliklerin bir kısmı, bazı hastalıklarla ilişkilendirilebiliyor. Yumurta ve tavuk meselesinin bir benzeri de mikrobiyom ve hastalık konusunda mevcut. Bileşimi değişen mikrobiyom mu hastalıklara sebep oluyor, yoksa hastalıkların sonucu olarak mı mikrobiyom bileşimi değişiyor sorusuna cevaplar aranıyor. Bunun yanı sıra, mikrobiyom bileşimindeki değişimlere nelerin hangi koşullarda sebep olduğu sorusunun cevabı da araştırılıyor. Geçtiğimiz hafta Cell Reports dergisinde yayımlanan yeni bir araştırma ikinci sorunun yanıtını aradı¹.

Araştırmada farklı yaş gruplarının ince bağırsaklarından alınan örneklerde mikrobiyal çeşitliliğin yaşa bağlı olarak değiştiği gösterildi. Yaşlanma ile alfa-çeşitliliğinin azldığı, buna paralel olarak da zorunlu/fakültatif anaerobik mikroorganizma (Zorunlu ya da duruma bağlı olarak oksijensiz solunum yapabilen mikroorganizmalar) sayısının arttığı gösterildi. Yani yaşlanma ile birlikte ince bağırsağımızda yaşayan tür çeşitliliği azalmakta, buna paralel olarak oksijensiz solunum yapan, yapabilen mikroorganizmalar baskınlaşarak bunların sayıları artmaktadır. Araştırmacılardan Leite’-ye göre² koliformlar (E.coli vb. çubuk şeklindeki bakteriler) yaşlanma ile birlikte ince bağırsağımızda çoğalmaktadır. Onlar çoğaldıkça diğer mikroorganizma çeşitlerinin üremesine ve büyümelerine alan bırakmamaktadır. Leite koliformları, bahçedeki zararlı otlara benzetmektedir. Çalışmanın bana göre en önemli yönü, dışkı örneklerinden ziyade, ince bağırsak dokusundan örnekler alarak mikrobiyom analizi yapmasıdır. Araştırmacıların önceki çalışmaları ince bağırsakta yerleşik mikrobiyom çeşitliliğinin dışkı örneklerinde gözlenenden daha fazla ve farklı olduğunu göstermişti. Bunun yanı sıra farklı yaş gruplarından (18-80 yaş arası) çok sayıda örnek (251 kişi) ile çalışılarak, çalışmanın istatistiki anlamı da güçlendirilmiştir. İlerleyen yaş gruplarında ilaç kullanımı ve hastalık oranlarının arttığı da araştırmanın ortaya koyduğu diğer bir bulgudur. Çalışmanın bana göre eksik yönü ise sadece bakteriyel çeşitliliğe bakmasıdır. Hastalıklar bakımından heterojen bir çalışma grubu kullanması ise, çalışmanın hem zorlayıcı, hem de güçlü yönünü oluşturmaktadır.

¹ Leite et al., Age and the aging process significantly alter the small bowel microbiome. Cell Reports, 2021; 36 (13): 109765 DOI: 10.1016/j.celrep.2021.109765

² Cedars-Sinai Medical Center. "Age and aging have critical effects on the gut microbiome: Study examines age-related changes to the small bowel." ScienceDaily. ScienceDaily, 1 October 2021. .